虽然巧克力囊肿属于良性病变，但仍有可能发生恶变。在病情恶化前，可能出现疼痛不规律、绝经后发病、囊肿直径超过10厘米以及CA125等表现。

疼痛不规律：巧克力囊肿常呈周期性病变，但病情恶化后，疼痛不再有规律。

绝经后发病：女性绝经后可能再次出现阴道内出血、月经淋漓不尽等现象。

囊肿直径超过10厘米：需通过B超检查。当囊肿直径超过10厘米时，病情恶化的几率较大。

CA125，当巧克力囊肿发生恶变时，如发展成卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌等，癌症的肿瘤标志物数值也会升高。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊表现。如果不积极治疗，有可能会导致不孕。